Nunca cambies el tamaño de la ventana del navegador del usuario automáticamente, es molesto, irrespetuoso y típico de los sitos de spam.
Mal si tu página es de las que primero carga una página señuelo y ésta “lanza” un popup con la página real. Error muy habitual de los sitios hechos en Flash.
Tampoco está bien preguntar al usuario si quiere ver una caca de página directamente o prefiere entrar a un sitio guay lleno de colorines y animaciones pero para el cual necesita aditamentos especiales y esperar un rato a que cargue.

Si todo tu sitio está hecho en Flash despide al desarrollador de la página y hazla otra vez; si la has hecho tú colócala en el apartado “sitios inútiles que he hecho” de tu portfolio y hazla otra vez.
No pretendas reinventar la navegación de los sitios web.
El contenido es el rey: si tu página web no tiene suficiente contenido o ningún texto real que no esté en una imagen contrata a un copy y despide a tu webmaster ahora.
Si tu sitio web no funciona o no se ve bien en Firefox… ¡bienvenido al 2007 tontolaba!

Nada de texto parpadeando [, los navegadores con clase como Safari ya ni la interpretan], nada de usar FrontPage, nada de popups ni en enlaces ni automáticos, nada de texto en scroll, nada de intros en Flash,…
Si la página contiene música asegúrate de que el usuario puede detenerla o apagarla y mejor si no se inicia automáticamente —lo mismo para el vídeo.
Los menús de navegación mejor en texto que en imágenes.
Un flujo de navegación bien pensado con subsecciones siempre es mejor que utilizar menús desplegables.
Si la única forma de encontrar la información importante de tu sitio web es utilizando el buscador, despide al tío que hizo el flujo de navegación —y que seguramente utilizó menús desplegables.
Cuida el tiempo que necesita la página para cargarse.
Si pretendes hacer pasar al usuario por alguna ruta predeterminada para llevarle a alguna página concreta o a la versión demo de tu producto es hora de que te compres una granja de hormigas para aliviar tus deseos de usurpador de voluntades con alguna especie que lo permita.
Si vas a poner vídeo olvídate de pedir a los usuarios que elija distintos anchos de banda y formatos de video perdedores como RealPlayer, Windows Media Player, Quicktime,… Utiliza un reproductor de vídeo en formato Flash como hacen YouTube y similares —si, Flash ganó esta única batalla hace tiempo.
No utilices técnicas y tecnologías nuevas en tu sitio web simplemente porque puedes o porque son novedosas. Las tecnologías nuevas son chulas, pero utilízalas sólo si realmente mejoran de algún modo la vida a tus lectores / clientes / usuarios.